青山剛昌による原作コミックが少年サンデー史上最長の連載600回を突破し、テレビアニメも大人気の「名探偵コナン」劇場版第11弾。古代遺跡“海底宮殿”と女海賊が残した財宝の伝説が語り継がれる神海島へバカンスに訪れたコナンたち。彼らは宝を狙うトレジャーハンターの一行と遭遇するが、そのうちの1人が突然サメの群れに襲われて死亡してしまう。ハンターの死に事件性を感じたコナンは、灰原と共に捜査を開始する。